• Административно-хозяйственный отдел (АХО)
• Бухгалтерия
• Газовая служба
• Инженерно-технический персонал
• Контрактная служба
• Лифтовая служба
• Отдел делопроизводства
• Отдел информационных и телекоммуникационных технологий
• Отдел кадров
• Отдел эксплуатации и ремонта медицинской техники
• Пищеблок
• Планово-экономический отдел
• Служба слабых токов
• Служба эксплуатации инженерных систем и оборудования
• Транспортный отдел
• Юридический отдел

Ученый секретарь
Проблемные комиссии №1-5
Локальный этический комитет
Музейный совет

• Лаборатория клинического питания
• Отдел неотложной хирургии
• Отдел анестезиологии и реаниматологии
• Отдел гинекологии
• Отдел клинической токсикологии
• Отдел лабораторной диагностики
• Отдел лучевой диагностики
• Отдел нейрохирургии
• Отдел неотложной кардиологии и ревматологии
• Отдел неотложной психиатрии, наркологии и психореабилитации
• Отдел неотложной сердечно-сосудистой хирургии
• Отдел организации скорой медицинской помощи и телемедицины (Балтийский центр телемедицины)
• Отдел острой цереброваскулярной патологии и неотложной неврологии
• Отдел сочетанной травмы
• Отдел термических поражений
• Отдел травматологии, ортопедии и вертебрологии
• Отдел трансплантологии и органного донорства
• Отдел эндоваскулярной хирургии
• Отдел эфферентной терапии
• Отдел хирургических инфекций
• Отдел патоморфологии и клинической экспертизы
• Патологоанатомическое отделение
• Отдел гепатохирургии

Отдел организации скорой медицинской помощи

• Научно-методическое отделение организации скорой медицинской помощи
• Отделение экстренной медицинской помощи
• Отделение экстренной медицинской помощи (краткосрочного пребывания)

Отдел анестезиологии и реаниматологии

• Отдел эфферентной терапии
• Отделение диализа
• Отделение гравитационной хирургии крови
• Лаборатория клинического питания
• Кабинет переливания крови
• Отделение гипербарической оксигенации

Отдел неотложной психиатрии, наркологии и психореабилитации

• Соматопсихиатрическое отделение

Отдел клинической токсикологии

• Отделение токсикологической реанимации
• Отделения острых отравлений №1, №2
• Химико-токсикологическая лаборатория

Отдел сочетанной травмы

• Отделение сочетанной травмы (6 х.о.)
• Противошоковый операционный блок

Отдел термических поражений

• Отделение анестезиологии, реанимации и интенсивной терапии
• Ожоговое отделение №1
• Ожоговое отделение №2
• Пластическая и эстетическая хирургия

Отдел травматологии, ортопедии и вертебрологии

• Травматологические отделения №1,2

Отдел неотложной хирургии

• 7 хирургическое отделение (отделение общей хирургии)
• 1 хирургическое отделение (отделение хирургической гастроэнтерологии)
• 5 хирургическое отделение (отделение панкреатологии)
• 3 хирургическое отделение (отделение колопроктологии)
• Урологическое отделение
• 11 хирургическое отделение (отделение хирургических инфекций)
• Эндоскопическое отделение

Отдел нейрохирургии

• Нейрохирургическое отделение №1, 2

Отдел гинекологии

• Гинекологические отделения №1,2

Отдел острой цереброваскулярной патологии и неотложной неврологии

• Неврологическое отделение для больных с острыми нарушениями мозгового кровообращения №1,2
• Отделение АиР № 3 (нейрореанимация). Палата реанимации и интенсивной терапии
• Отделение медицинской реабилитации

Отдел неотложной сердечно-сосудистой хирургии

• Отделение сосудистой хирургии
• Кардиохирургическое отделение
• Кардиохирургическая реанимация

Отдел эндоваскулярной хирургии

• Отделение рентгенохирургических методов диагностики и лечения
• Группа анестезиологии и реаниматологии

Отдел неотложной кардиологии и ревматологии

• Отделение неотложной кардиологии №1
• Кардиологическое отделение
• Отделение неотложной кардиологии №2

Отдел лучевой диагностики

• Отделение магнитно-резонасной томографии
• Отделение радиоизотопной диагностики
• Рентгенологическое отделение
• Отделение ультразвуковой диагностики

Отдел лабораторной диагностики

• Бактериологическая лаборатория
• Клинико-диагностическая лаборатория. Экспресс-лаборатория
• Лаборатория иммунологии

Отдел трансплантологии и органного донорства

Отделение клинической нейрофизиологии

Отделение функциональной диагностики и ЭКГ

• Кабинет электрокардиографии
• Лаборатория клинической физиологии внешнего дыхания

Отдел патоморфологии и клинической экспертизы

• Патологоанатомическое отделение
• Клинико-экспертное отделение.